¿Por qué me aparece un cargo como cobrado y a los pocos días se marca como erróneo?

Lamentablemente es el funcionamiento de los adeudos directos, no así en el mundo de las tarjetas.

Cuando se envía a cobrar un cargo en la fecha D, ese cargo será abonado siempre en el banco en la fecha D y tendrás el dinero en tu cuenta (disponible o no es otra cuestión). Lo que puede suceder es que a los pocos días  te quiten ese dinero, porque en realidad ese cargo no se ha podido cobrar. 

¿Por qué? Porque los bancos trabajan de forma asíncrona, sincronizándose por la noche, pero además la propia normativa SEPA da un plazo de hasta 5 días hábiles bancarios para notificar ese error. De modo que en los 5 días posteriores a la fecha de cargo van cayendo un goteo de notificaciones de falsos positivos. 

Tienes que tener en cuenta que tu banco no puede saber si tu cliente tiene saldo o no en su banco, si ha cancelado su cuenta o no, etc. Podrían tener formas de hacerlo, pero así está montado el circuito de compensación.

En función del tipo de error se apura ese plazo en mayor o menor medida. Ej: si una cuenta está cancelada, se suele saber rápido (1-2 días), pero si es que el cliente no tiene saldo, se suele alarga hasta 4-5 días para intentar que el cliente lo resuelva añadiendo dinero a su cuenta.

Entonces, ¿hay algún plazo en el que pueda estar seguro de que se ha cobrado? Si. 3 días en el caso del B2B y 5 días en el caso de CORE. Días hábiles bancarios siempre. Si lo prefieres en cristiano: una semana. Si a partir de esa fecha llega una devolución, es porque el cliente lo ha devuelto (o excepcionalmente el propio banco de tu cliente), pero no por razones técnicas.